蛤蜊育苗正值夏季，水温较高，敌害生物的防除和疾病的防治尤为重要。育苗用水须以黑暗沉淀，沙滤，紫外杀菌等方法处理，或用(5-10)10-6浓度的漂白粉处理。
培育过程中用EDTA来螯合水中的重金属离子，以0。5mg/L的土霉素防治病害，可抑制幼苗的大量繁殖，利于幼虫发育生长。
因此在幼虫，稚贝培育期间，每天投12g/m3(氯霉素，新诺明，呋喃唑酮，土霉素)的抗菌素抑制细菌繁殖是必要的。
当稚贝壳面附有聚缩虫时，投24g/m3呋喃唑酮控制聚缩虫的繁殖，效果较好。往饵料池内泼洒46g/m3青霉素，链霉素也能取得良好的防病效果。