孵化后的仔鱼饲养20～30天，鱼体长到3厘米左右时，开始进行挑选，去劣留优，强化生长速度，以达到保护性状的目的。挑选幼鱼是饲养过程中获得优质锦鲤最重要的一个环节。一般在孵化后的3个多月期间内进行3～4次挑选。第1次挑选在仔鱼孵出后的20～30天内进行，鱼苗体长达到3厘米左右。主要是选留体质健壮，游动活泼，脊柱笔直，各鳍无畸形或缺陷，品种特征明显的个体。对其它个体淘汰掉或另行培育出售，但品种不同，其生长速度和形成斑纹的时间也不相同，所以品种特征显现时间也有早晚。例如：昭和三色锦鲤在孵化后15天左右开始显现，黄金系锦鲤则在孵化后50天左右显现。第2次挑选在第1次挑选后20天左右开始，选择标准为各鳍形状是否优美，尤其胸鳍，头形是否对称，眼、吻、触须是否变形，色彩是否鲜艳浓厚，图案斑纹是否清晰，品种特征是否明显等。第3次挑选与第2次挑选间隔20天左右。
选择标准：鱼鳍大小比例要适宜，色彩鲜明，白底要纯净，不能有污点，红斑要求边缘清晰，黑斑要浓淡均匀，斑纹左右平衡，若在吻部及尾柄部有白色部分要清晰，品种特征明显等。第4次挑选与第3次基本相同。经过上述3～4次挑选，一般每尾鱼所繁殖的后代中，最终符合要求的仅为1000～3000尾或更少。锦鲤是大型鱼，具有食用价值，经多次挑选淘汰出来的鱼苗可以作食用鱼饲养。
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