消毒是贯彻“预防为主”方针的一项重要措施。其目的是消灭传染源散播于外界环境中的病原微生物，切断传播途径，阻止疫病继续蔓延。羊场应建立切实可行的消毒制度，定期对羊舍（包括用具）、地面土壤、粪便、污水、皮毛等进行消毒。
1.羊舍消毒一般分两步进行：步先讲行机械清扫。第二步用消毒液消毒。
常用的消毒药有10%-20%石灰乳、10％漂白粉溶液、0.5%-1.0%二氯异氰尿酸钠、0.5％过氧乙酸等。消毒方法是将消毒液盛于喷雾器内，先喷洒地面然后喷墙壁，再喷天花板，再开门窗通风，用清水刷洗饲槽、用具，将消毒药味除去。在一般情况下羊舍消毒每年可进行2次（春、秋各1次）。产房在产羔前应进行1次，产羔高峰时进行多次，产羔结束后再进行1次。在病羊舍、隔离舍的出入口处应放置有消毒液的麻袋片或草垫；消毒液可用2％一4％氢氧化钠、1％菌毒敌（对病毒性疾病），或用10％克辽林溶液（对其他疾病）。
2.地面土壤消毒土壤表面可用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10％氢氧化钠溶液。停放过芽孢杆菌所致传染病（如炭疽）病羊尸体的场所，应严格加以消毒，首先用上述漂白粉溶液喷洒地面，然后将表层土壤崛起30厘米左右，撒上干漂白粉，并与土混合，将此表土妥善运出掩埋。
3.粪便消毒羊的粪便消毒方法有多种，实用的方法是生物热消毒法，即在距羊场100-200米以外的地方设一堆粪场，将羊粪堆积起来，上面覆盖10厘米厚的沙土，堆放发酵30天左右，即可用作肥料。
4.污水消毒常用的方法是将污水引入处理地，加入化学药品（如漂白粉或其他氯制剂）进行消毒，用量视污水量而定，一般1升污水用2-5克漂白粉。
更新于：7个月前