淡水龙虾在自然条件下病害很少，随着高密度人工养殖的扩大，淡水龙虾养殖也面临着疾病暴发的危险。因此，要坚持以防为主的原则，做好病害防治工作。
(一)病害的预防1、彻底清塘消毒放养前要彻底清塘消毒，杀灭病原体和敌害生物。要过滤进水，防止敌害生物入池。外来虾苗要用1～3%的食盐水浸浴消毒后再放入池塘。还有饲料、网具也要按常规消毒。2、保持水质清新经常冲注新水，或配套增氧机，保持池水溶氧量在每升3毫克以上；每月视情况用生石灰(每吨水20克)全池泼洒，使pH值保持在7～8。3、科学投喂饲料以使用人工配合颗粒饲料为好，做到四定投喂。池中有残饲或水质及池底恶变，多是由于投饲过多所致。当水中溶氧低、水质恶化或恶劣天气时(如雷雨闷热天、连续阴天)，要减少投饲或停喂。(二)常见病害与敌害的防治1、细菌性疾病(1)褐斑病。虾的甲壳受到外伤而被多种细菌感染，破坏了虾壳的角质层、表皮层和几丁质层，形成甲壳上的黑褐色斑块。此病一般都能在再次蜕壳时蜕掉而自愈，但严重时也会致虾死亡。(2)败血病。虾的血液和内部器官被细菌感染而出现，这些细菌包括有弧菌、单孢菌和革兰氏阴性菌。细菌性疾病的防治：主要是改善水质和池塘环境，不受剧烈刺激和免受外伤，着重预防。在条件允许的情况下，也可在养虾池中施用消毒、杀菌剂抑制细菌。2、真菌性疾病(1)水霉病。由于真菌侵袭螯虾的死卵，繁衍增殖而使卵子生为白毛状的水霉病。严重时真菌也能传染侵袭周围的好卵子，形成连片白霉。可试用常规防治水霉病的办法防治。(2)螯虾瘟。这种病由一种真菌感染而起，这种真菌适宜生长温度不高于18℃，当水温高于21℃时，真菌的生长就受到抑制。因此，只要将虾苗放养和捕捞时的水温掌握在21℃以上，螯虾就不会得该病。3、螯虾的敌害鸟类如鸬鹚、鸥类是养虾池的大敌，可用音响或视觉干扰来轰吓；鱼类如鲈、鳢、鲶、鳜等能掠食虾类，特别是在蜕壳时螯虾受害更大，应严格清除出池。如要混养，也只能将鱼养在池水的网箱(密封网箱)内。水狸鼠、龟、蛇、蛙等水陆两栖动物也能吞噬螯虾或其幼虾，可以通过诱杀或在池周加围障羼隔绝。许多水生昆虫或其幼虫也能伤害螯虾幼虾，可用各种方法防除或诱杀、窒杀，但对在虾池中应用杀虫剂等农药则须特别小心，因为虾类也是节肢动物，对一些农药很敏感。在鸟类危害严重时，可以在池面上用网罩盖，以阻隔害鸟入池食虾。