鳗鱼的凹凸病很难治愈，而且此种疾病的传播性又很强，水温在15-30度之间特别容易感染，温度愈高孢子发育愈快。该病对幼鳗危害尤为严重，目前此病尚无理想的治疗方法，主要以防为主。
1.放养前宜翻土晒干，并用大剂量（每亩300斤左右）生石灰清塘。
2.收购过程中小心观察鱼体，避免购进病鳗。
3.饲养时避免密度过大，保持水质良好，起捕、分选中发现病鳗应立即挑出处理，以防感染。
4.对于发病后的治疗，笔者曾尝试过升温的方法，有一定的疗效，将发病池的水温缓慢升至34℃-35℃（每天升温2℃左右），保持3-4天后再将温度降至正常，这期间减少投饵量和换水次数。注意如果与其他寄生虫疾病及某些细菌性疾病并发，不可贸然升温。