如果动物健康生存环境得不到基本保障，过高密度饲养，活动受限，环境变得极其恶劣，都将造成动物机体抵抗力下降，为疫病的流行和传播创造条件。
随着石斑鱼人工繁殖和养殖技术的突破，石斑鱼养殖规模不断扩大，特别是工厂化循环水养殖模式近年来更是成为北方石斑鱼养殖业发展的重要支撑，但是石斑鱼病害的规模化暴发也成为严重阻碍石斑鱼工厂化养殖发展的重大障碍。目前较为有效的降低工厂化石斑鱼病害暴发的措施就是从受精卵消毒、切断病毒的传播途径、养殖水环境监控、养殖管理、日常操作等几个方面全面加强对于神经坏死病毒、寄生虫和细菌的防控。除此之外，尚无有效的药物和其他手段能够从根本上治愈病毒性神经坏死症。当前在石斑鱼工厂化养殖中出现的病害暴发的现象其实在畜禽养殖业中也普遍存在，不仅造成了巨大的经济损失甚至威胁到人类的生命安全。与畜禽病害的持续斗争已经使人们认识到如果动物健康生存环境得不到基本保障，过高密度饲养，动物活动受限，环境变得极其恶劣，都将造成动物机体抵抗力下降，为疫病的流行和传播创造条件。因此，顺应现代畜禽养殖业的发展，动物福利的概念应运而生，动物福利直译自animalwelfare一词，产生于20世纪60年代初，是针对集约化生产中出现的如疾病增多、机体损伤加剧、死亡率上升、异常行为增多等问题而提出的，旨在呼吁保证畜禽正常生产的同时应充分重视畜禽的福利状况，提高畜禽生产过程中的福利水平。为了定义理想的动物福利状态，世界养殖动物福利协会（FAWC）建立了五个免于（自由）的标准框架，分别为：免于饥饿和口渴，免于不适，免于痛苦、伤害和疾病，免于恐惧和悲伤，以及自由表达正常的行为。近年来，石斑鱼工厂化养殖中出现了病害暴发、鱼苗残食严重、苗种畸形率高、苗种发育缓慢、商品鱼体色异常等严重阻碍产业健康发展的现象，其根源与养殖密度过大、营养缺乏、水质恶化和操作不当等引起的养殖鱼的免疫力降低、行为异常、胁迫刺激等关系石斑鱼动物福利水平的因素密切相关。养殖水环境中的氨氮、pH、溶氧、温度、盐度、流速、流态等条件的改变（恶化）所导致的石斑鱼福利水平下降往往会表现为石斑鱼运动能力减弱、体表特征残缺、体色黯淡、生长缓慢、摄食不积极、成活率降低等。近几年，一批石斑鱼工厂化养殖成功的企业已经开始认识到为石斑鱼提供稳定的养殖水环境的重要性，纷纷通过在石斑鱼工厂化养殖车间中引入循环水设备、水质监控设备、物联网等新兴技术和设施设备来保障适宜的生长环境，并取得了很好的应用效果。养殖管理中的养殖密度也是一个关系到石斑鱼动物福利的重要因素，养殖密度过高将影响石斑鱼的正常生长，增加残食发生的几率以及病害暴发和生产操作的风险；而养殖密度过低，既降低了资源利用率也不利于石斑鱼群体行为的形成。只有适当的养殖密度才能减少石斑鱼由于身体接触造成的伤害，降低采食时的相互干扰和争抢的几率并且减少病毒、细菌和寄生虫等疾病的传播机会。除此之外，日常操作中如分苗、分池、投喂中的人为惊扰应激和操作方式等也会降低石斑鱼福利水平，导致苗种免疫力下降、发育畸形、体色异常甚至大批致死的现象，要改变这种状况必须提高从业人员技能和素质、灌输善待养殖对象的福利养殖理念并制定和严格执行合理的养殖规程。不适的捕捞、运输和加工的操作方式、方法以及保障条件等也会影响石斑鱼的体表特征、体色、肉质乃至存活率等动物福利状况，在石斑鱼养殖业下游中如何根据国内消费者的消费习惯采取有利于提高养殖鱼类福利和产品质量的措施和技术手段，以实现为消费者提供优质、安全的蛋白质的目标将是今后石斑鱼养殖业迈向高端的重要标志。总而言之，目前我国石斑鱼养殖正在由粗放型小作坊式的养殖模式向集约化工业式养殖模式转变，无论从设施装备方面，还是从水质监控、养殖管理、饲料与营养、操作规范等方面都具备了实施福利养殖的条件，许多在粗放和半粗放养殖条件下，由于动物福利水平降低所造成的诸如烂鳍、咬伤、体色异常、生长缓慢、发育畸形和胀鳔等影响养殖石斑鱼产量和品质的问题，通过养殖模式的升级也具备了解决的办法和途径。今后如何在石斑鱼工厂化养殖中提升福利养殖的水平还有许多关键技术问题需要解决，涉及到鱼类生物学、鱼类养殖学、环境生态、系统工程和信息技术等诸多领域，相信在产、学、研各界人士的共同努力下，一个能够保障动物福利以及产品品质的健康可持续发展的石斑鱼养殖业在不久的未来终将实现。