中华鲟是以动物性食物为主的偏肉食性鱼类。在天然水域中，幼鱼期主要摄食底栖无脊椎动物，主要为水蚤类，也可摄食小型虾、蟹、蚬类；成鲟在海洋中主要摄食底栖鱼类。在生殖洄游期间，亲鲟一般停食。在人工养殖的条件下，中华鲟仔鱼在全长3.05±0.07厘米时开始摄食，主要摄食水生寡毛类、摇蚊幼虫、枝角类和桡足类；幼鲟以水生寡毛类(水丝蚓、颤蚓、尾鳃蚓等)，枝角类(蚤状溞、隆线溞等)，水生昆虫幼虫(摇蚊幼虫)和虾类等为主食；成鲟则主要摄食各种饲料鱼块(如鲫鱼、罗非鱼、鲢鱼和草鱼等)。从1989年起，中华鲟研究所就开展了对中华鲟配合饲料的科学研究工作，为大规模人工养殖中华鲟开辟了广阔的饲料来源。各种规格的中华鲟均能摄食配合饲料。从目前配合饲料的养殖效果来看，稚鲟的开口饲料，以投喂天然饵料(水蚯蚓)比投喂人工配合饲料培育的效果要好；而对于幼鲟和成鲟采说，以投喂配合饲料比投喂天然饵料(水蚯蚓)养殖的效果更好。
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